El control interno tiene como objetivo proporcionar una seguridad razonable en el logro de objetivos y metas de la Institución dentro de las siguientes categorías:

i.  Operación: Eficacia, eficiencia y economía de las operaciones, programas y proyectos.
ii.  Información: Confiabilidad, veracidad y oportunidad de la información financiera, presupuestaria y de operación.
iii.   Cumplimiento: Observancia del marco legal, reglamentario, normativo y administrativo aplicable a las Instituciones.
iv.   Salvaguarda: Protección de los recursos públicos y prevención de actos de corrupción.

En la implementación, actualización y mejora del SCII, se identificarán y clasificarán los mecanismos de control en preventivos, detectivos y correctivos, privilegiándose los preventivos y las prácticas de autocontrol, para evitar que se produzcan resultados o acontecimientos no deseados o inesperados que impidan en términos de eficiencia, eficacia y economía el cumplimiento de las metas y objetivos de la institución.
El establecimiento del SCII favorece un mejor desarrollo organizacional, una coordinación institucional más eficiente y una comunicación más efectiva, contribuyendo a:

• Lograr con eficiencia metas y objetivos institucionales
• Fomentar la integración y asimilación del personal a las metas de la organización
• Medir el desempeño del personal y por ende, a mejorarlo
• Evitar fraudes y corrupción interna
• Facilitar el flujo de la información
• Propiciar la eficiencia y economía con las que se aplican los recursos
• Incrementa la transparencia y rendición de cuentas